Женский монастырь, который ныне носит имя блаженной старицы Матроны Московской, был основан еще в 17-м столетии и изначально был мужским. Построили его в 1635 году по приказу царя Михаила Федоровича, который решил таким способом отдать дань уважения своему отцу Патриарху Филарету, умершему в день Покрова Богородицы. Поскольку на месте, где строили монастырь, некогда находилось кладбище с захоронениями бродяг и бездомных, святое место называли «монастырь на Убогих Домах» или «Божедомкий монастырь». При царе Алексее Михайловиче его также называли «комнатным» оттого, что достраивали его на средства, вырученные со сдачи в наем земельных владений.
В 17-м столетии рядом с монастырем был построен собор Покрова Богородицы, а в следующем веке – церковь Воскресения Словущего. В 1870-х годах при монастыре был открыт миссионерский институт. В первые годы после Октябрьской революции и образования СССР и монастырь, и церкви были закрыты, а в начале 90-х годов прошлого столетия возвращены Русской православной церкви.
С 1994 года монастырь Покрова Богородицы функционирует как женский. Четыре года спустя сюда доставили на постоянное хранение раку с мощами блаженной Матроны Московской – благочестивой старицы, которая, родившись незрячей и потеряв способность ходить на семнадцатом году жизни, творила чудеса, всячески помогая людям. Матрона, прожившая немало лет в Москве, скончалась в 1952 году и была похоронена на Даниловском кладбище. В марте 1998 года ее останки были перенесены в монастырь, а год спустя Матрону Московскую канонизировали.
Ныне монастырь, носящий имя блаженной старицы Матроны Московской и хранящий ее мощи, является одним из наиболее благодатных мест паломничества огромного количества православных христиан.